בשנת 1753 מפרסם שבדי בשם קרל לינאוס (Carl Linnaeus) ספר לקביעת שיטת מיון בעלי חיים וצמחים הנקרא "שיטת הטבע" (Systema Naturae - המשמש את הבוטנאים עד היום), שבו הוא סיווג בפעם הראשונה את משפחת רוביקה (Rubiaceae) הכוללת יותר מ-500 זנים מוכרים ויותר מ-6000 תתי זנים.
שלושה זנים ממשפחת רוביקה הם זני קפה - ערביקה (Arabica), רובוסטה (Rubusta) וליברקה (Liberica)
בעולם מגדלים ומשווקים בעיקר את 2 זני הקפה ערביקה ורובוסטה, בעוד שהזן השלישי ליבירקה כמעט לא משווק.
לכל זן יש תתי זנים (עד היום גילו - 55 תתי זנים רק של ערביקה ועוד 42 זנים של רובוסטה)הגדלים במקומות שונים בעולם. כל אזור/מדינה או אפילו מגדל פרטי בוחרים את תת הזן שלדעתם יפיק את טעם הקפה המשובח ביותר וכמובן שתת הזן יתאים מבחינת מזג אוויר וקרקע כדי לגדול באזור שלהם.
אציין כאן מספר תתי זנים ידועים העולם:
# לזן הערביקה: בורבון (Bourbon), טיפיקה (Typica), גיישה (Gesha), ג'אווה (Java) ועוד...
# לזן הרובוסטה: טופי (Tupi), למפירה (Lempira), קטיסיק (Catisic) ועוד...
לדוגמא: בפנמה מגדלים מספר תתי זנים, בן השאר את תת הזן גיישה שזכה לא פעם במכרזים כקפה הטוב/היקר ביותר.
מי שעובד על הנושא הוא ארגון המחקר העולמי של הקפה (World Coffee Research)
ערביקה - העץ המפונק
ערביקה הוא הנפוץ ביותר ושולט בכ-75% משווקי מסחר הקפה בעולם. צמח הערביקה זכה בתואר "מפונק", מאחר שהוא גדל במקומות גבוהים - מעל 1000 מטר ורגיש מאוד לכל שינוי בתנאי מזג האוויר. די בלילה אחד של כפור כדי להרוס יבול של שנה שלמה. בנוסף, הצמח גם מאוד רגיש למזיקים ולמחלות.
למרות כל ה"צרות" שהוא גורם למגדלים, הוא מניב תמורה טובה.
קפה ערביקה נחשב, בדרך כלל, ליותר איכותי מהרובוסטה (לא תמיד, יש בשוק הרבה ערביקה גרועה), כמות הקפאין שבו נמוכה וטעמו העשיר בעל הארומה העדינה והחומציות הנעימה משאיר טעם קליל של קרמל בפה.
הערביקה גדל בעיקר בדרום אמריקה ובמזרח אפריקה. שני הזנים הנפוצים של עץ הערביקה הם טיפיקה (Typica) ובורבון (Bourbon). בשנים האחרונות מנסים לפתח הכלאות עם זן הרובוסטה, כדי להתגבר על רגישותו הגבוהה של צמח הערביקה לנגיפים ומחלות, ולקבל זנים חזקים יותר, עמידים יותר, שנותנים יותר יבול וטעמם משופר.
את עץ הרובוסטה מגדלים בעיקר באסיה, במערב אפריקה ומעט בברזיל. הוא נחשב לעץ חזק בהרבה מהערביקה, עמיד יותר למחלות ולמזיקים, וגובהו יכול להגיע במקומות מסוימים עד ל-10 מטר.עץ הרובוסטה דורש אמנם יותר משקעים, אך אפשר לגדלו בגובה פני הים והוא עמיד יותר לשינויים במזג האוויר. צורת הפרי אובאלית יותר מזו של הערביקה ותקופת הבשלתו היא כ-11 חודש.
פולי הרובוסטה מכילים כמעט פי 2 קפאין מפולי הערביקה, טעמם מלא ומריר ובעל חומציות נמוכה, ולאחר השתייה נשאר בפה טעם עפיץ קל.
השוואה בין ערביקה לרובוסטה
| התכונה | ערביקה | רובוסטה |
| תכולת קפאין | 0.8%-1.5% | 1.5%-3.8% |
| טעם | חומצי | מריר |
| תפוקת פולי קפה (בק"ג לעץ)* | 400 גרם – 1.5 ק"ג | 600 גרם – 2 ק"ג |
| זמן מהפריחה עד הבשלת הפרי | 9 חודשים | 11 חודשים |
| הפריחה | אחרי הגשם | לא סדיר |
| כמות משקעים אידיאלית (במ"מ) | 1500-2000 | 2000-3000 |
| טמפרטורה אידיאלית | 15°C - 24°C | 24°C - 30°C |
| גובה גידול אידיאלי (במטר) | 1800 - 900 | 800 - 0 |
| חסינות | רגיש | עמיד |
| * יבול טוב מתקבל לאחר 5 שנים. מ-2.5 ק"ג של פרי (דובדבן) מקבלים בערך חצי קילו של פולים | ||